Johannes Müller wechselte nach kurzem Physik-Studium in die Regie-Klasse der Hochschule für Musik „Hanns Eisler“ Berlin. Während des Studiums inszenierte er für die K.O.-Projekte der Komischen Oper Berlin, die Volksbühne Berlin, Ballhaus Ost und Oper Dynamo West, deren Gründungsmitglied er war.
Seit 2011 erarbeitet er mit Philine Rinnert Musiktheaterprojekte, die sowohl die Vergangenheit der Oper, ihre Wirkung und Techniken ins Visier nehmen, die aber auch eine Archäologie der Gegenwart sind, von Entertainment, Pop und Queer Culture. Ab 2020 Kooperation mit der Staatsoper Stuttgart und der Vlaamse Opera Antwerpen/Gent für mehrere Musiktheater-Abende unterschiedlicher Größe.
Johannes Müller unterrichtete an der ZHDK Zürich und war Mentor im Performing Arts Programm Berlin.
Arbeiten unter anderem: Frauenliebe, Inc. (2009), Cheap Blood (2010), Intrigo Internazionale (2010/2011), One Day More/Extravaganza (2012), Opération Spirituelle (2012), Herculanum (2013), Reading Salomé (2015/2016), Aids Follies (2018), White Limozeen (2018), Im Weißen Rössl am Central Park (2019), Warnung (2019), Sing out! (2020), Ex Machina (2020), Nothing will be archived oder die Herrin der Welt (2020), The Want-Song (2022).
Arbeiten für Oper Dynamo West: Der Teufel in Frau Jones (2007), Vom Schweben (2008), Cairo Shanghai Bombay (2008), Telemondial (2010), Salon Chris (2014).
Dramaturgien: Tropfen auf heiße Steine/Oper Dynamo West (2008), Amazonas/Oper Dynamo West (2009), Anfang der Durchsage/Oper Dynamo West (2014), Musterhaus/Oper Dynamo West (2014).
Stückentwicklungen (gemeinsam mit Cordula Däuper): Wake up and Dream/Nationaltheater Mannheim (2015), Fanny!/Staatsoper Berlin (2018), Casting Clara/Neuköllner Oper (2019), Lost/Neuköllner Oper (2020).
Filmarbeiten: Kunst-Axt (2010), Stürmt den Pallast - Ein Film im Pallasseum (2010), Die Schwulen essen Kuchen (2012), Das große Glück (2015).
Preise:
Jurypreis Festival Favoriten 2016 für Reading Salomé
Großer Preis der Jury Beldocs/Belgrad 2016 für Das grosse Glück
Einladung Festival Impulse 2019 mit White Limozeen